De acordo com o Regulamento do Programa de Mestrado Profissional em Ensino de Ciências (PPEC), a estrutura curricular do curso é composta por:
- carga horária de disciplinas,
- estágio supervisionado,
- participação do Seminário Interno de Pesquisa (SIP),
- qualificação e o desenvolvimento de produto educacional/defesa do trabalho final do mestrado.
Assim, o discente regular do Programa para a conclusão do mestrado deverá cumprir no mínimo 30 (trinta) créditos, assim distribuídos: 12 (doze) créditos referentes às disciplinas obrigatórias, 08 (oito) créditos em disciplinas dos núcleos optativos, 08 (oito) créditos na elaboração do trabalho de conclusão e 02 (dois) créditos para o Seminário Interno de Pesquisa.
SEMINÁRIO INTERNO DE PESQUISA (SIP)- No Seminário os discentes deverão apresentar o seu projeto de pesquisa a ser avaliado por banca constituída por docentes do programa. Entende-se que esse seja um momento importante de socialização das pesquisas a serem desenvolvidas, com a oportunidade para o discente de receber contribuições para a construção do seu projeto. A participação do discente no SIP deverá acontecer até no máximo 12 meses a partir de sua primeira matrícula no programa. O SIP será subsidiado pela disciplina obrigatória Metodologia da Pesquisa em Ensino de Ciências ofertada no semestre anterior à sua realização.
EXAME DE QUALIFICAÇÃO - O discente deverá também se submeter a um exame de qualificação relacionado à dissertação, em um prazo não superior a 18 (dezoito) meses, após a primeira matrícula no programa. Esse exame será realizado perante banca examinadora composta por três docentes aprovados pela Comissão Administrativa do PPEC.
PRÁTICA DO ESTÁGIO SUPERVISIONADO - Consiste no acompanhamento in loco pelo orientador da prática profissional do discente do PPEC com o intuito de conhecer o local de trabalho do orientando e acompanhar a implementação da proposta que gerará o trabalho final. A Prática do Estágio Supervisionado é requisito obrigatório para a integralização curricular e terá duração mínima de 30 (trinta) horas. O objetivo da Prática do Estágio Supervisionado é que o orientador tome conhecimento da realidade da escola ou ambiente de trabalho de seu orientando de modo que, em parceria, possam levantar questões a serem estudadas e assim contribuir efetivamente para a melhoria do ensino no país. Para ser aprovado o aluno deverá entregar ao orientador supervisor um relatório final contendo as reflexões críticas de sua prática bem como a descrição das atividades realizadas. O supervisor adicionará ao relatório final a ficha de avaliação do aluno, atribuindo-lhe um conceito.
TRABALHO FINAL/ PRODUTO EDUCACIONAL - Será considerado o trabalho final do mestrado a elaboração de uma dissertação que deverá resultar de uma pesquisa profissional aplicada, descrevendo o desenvolvimento e utilização de produtos de natureza educacional em situações reais de ensino em formato artesanal ou protótipo. O trabalho final deve incluir necessariamente o relato fundamentado da experiência no qual a proposição educacional é parte integrante. O trabalho final será julgado por banca de defesa composta por três membros titulares e um membro suplente, sendo no mínimo um membro externo ao programa.