A criação da ESEFFEGO ocorreu antes da própria Universidade Estadual de Goiás, na década de 1960. Desde esse período a Eseffego tem-se apresentado como referência na formação em Educação Física e Fisioterapia no Estado de Goiás e no Centro-Oeste brasileiro.
A criação da Escola Superior de Educação Física de Goiás (ESEFEGO) ocorreu em um momento de efervescência polícia e econômica no Estado de Goiás dando enfoque à produção humana que correspondesse às necessidades da economia. O Plano de Desenvolvimento Social e Econômico elaborado no Governo Mauro Borges reordenava o papel das instituições, conferindo atenção especial à Educação Física no contexto das políticas desenvolvimentistas (MELLO, 2002).
O papel da Educação Física dentro do plano de metas de Mauro Borges era pautado na perspectiva militarista e o fato de o governador Mauro Borges gostar das práticas corporais e tê-las como forma de modificação social contribuiu para seu apoio à formação profissional na área, uma vez que existia demanda de mão de obra justificada pela precariedade da educação, do esporte, do lazer e das artes dentro do Estado. Tal plano via no esporte, um instrumento com grande poder de mobilização e socialização das camadas populares (NASCIMENTO, 2009).
Dentro desse novo espaço que se configurava em Goiás, Mauro Borges propôs a construção das praças do povo vinculadas à Fundação Estadual de Esportes, também criada em seu Governo, o que contribuiu com a urgência para se requisitar a formação de professores dentro do Estado.
Tais praças de esporte deveriam oportunizar às crianças, aos adolescentes e aos adultos momentos de recreação, vivências de esportes e ainda outras atividades de cunho organizado, como momento de lazer e como forma de evitar a incidência da delinquência por meio de um espaço esportivo, situadas nos bairros mais afastados do centro goianiense e em cidades populosas do interior.
No dia 6 de outubro de 1962, realizou-se intensa programação esportiva, com participantes procedentes de Brasília, para a inauguração da Praça de Esporte do Povo de Vila Nova, junto ao histórico Instituto de Educação de Goiás, fato amplamente noticiado pela imprensa local. Inicialmente foram criadas três praças com toda infraestrutrura e equipamentos necessários às práticas, mas o que tornou inviável a construção de outros espaços foi a falta de pessoas qualificadas, já que em Goiás não havia nenhum centro de formação de profissionais da área com competência instrucional, educacional ou mediadora das práticas corporais.
Esta situação foi definitiva para o surgimento da Escola de Educação Física de Goiás, realizando inicialmente cursos de formação (não superiores), suprindo as necessidades da Fundação Estadual de Esportes. Em 22 de outubro de 1962, pela Lei 4.193/1962 foi criada no mesmo local, a Escola de Educação Física do Estado de Goiás, a partir da existência da recém-inaugurada Praça de Esporte do Povo de Vila Nova. Como Escola, destinou-se à formação de professores e monitores para atuarem na área de Educação Física, pois, à época, o Estado mostrava-se extremamente carente de profissionais nessa área, o que levou o curso ser guindado à condição de ensino superior (LIMA, 2011).
No ano seguinte, pela Lei 4.640 de 8/10/1963, foi criada a Escola Superior de Educação Física de Goiás, como entidade autárquica jurisdicionada à Secretaria Estadual da Educação e Cultura. O reconhecimento da ESEFEGO como Escola Superior ocorreu pelo decreto Federal nº 64.139, de 27 de fevereiro de 1969.
Em 14 de janeiro de 1994 teve início o Curso de Fisioterapia, reconhecido pelo Conselho Estadual de Educação em abril de 2000, e pelo Decreto Estadual n° 5.219.
No ano de 1999, a ESEFFEGO passou a integrar a Universidade Estadual de Goiás–UEG, como Unidade Universitária de Goiânia, e hoje, acrescenta à construção da Universidade Estadual de Goiás o seu processo histórico e procura desempenhar seu papel social com vínculo aos conhecimentos em Educação Física e Fisioterapia, desenvolvendo atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão reconhecidos no Estado de Goiás.
Atualmente a UnU Eseffego atende 507 alunos nos cursos de Educação Física (licenciatura e bacharelado), distribuídos em 213 no turno matutino, 144 no vespertino e 150 no noturno, e 320 no curso integral de Fisioterapia, totalizando 827 discentes. Além disso, apresenta um quadro de corpo docente formado por 82 professores efetivos e 12 temporários.