Com a aprovação do novo Regimento Geral da UEG através da resolução CsU 75/2014, a Unidade Universitária de Ciências Exatas e Tecnológicas passou a ser denominada Câmpus Anápolis de Ciências Exatas e Tecnológicas Henrique Santillo Henrique Santillo (CET).
O Câmpus de Ciências Exatas e Tecnológicas Henrique Santillo está localizado em Anápolis-GO na BR-153, nº 3.105, próximo ao Distrito Agroindustrial de Anápolis (DAIA), possuindo uma área de 134 hectares, 54 Ares e 61 Centiares. No Câmpus existe uma edificação principal de 10.120,00 m², e três blocos de laboratórios anexos, na Br 060/153 km 98, nº 3.105.
A história da UEG, em Anápolis, pode ser conhecida a partir do relatório da pesquisa “Da FACEA até a UEG” que faz parte do Museu Virtual da Educação em Anápolis, Coordenado pela profa. Dra. Mirza Seabra Toschi, bem como no Plano de Desenvolvimento Institucional da UEG 2010-2019 (PDI).
A Faculdade de Ciências Econômicas de Anápolis (FACEA) começou a funcionar em junho de 1961 e foi criada pela Lei Estadual nº 3.430, de 5 de julho de 1961. A autorização de funcionamento foi concedida pelo Decreto Federal nº 73.149, de 12 de novembro de 1973. Durante vinte e três anos manteve, exclusivamente, o curso de Ciências Econômicas.
Em 1984 a FACEA ampliou sua oferta de cursos mediante a autorização do Ministério da Educação e passou a oferecer também os cursos de Administração e Ciências Contábeis. Em 1986 foi autorizada a oferecer também os cursos de Tecnologia em Processamento de Dados e os de Licenciatura curta em Letras, História e Geografia.
Embora a criação da FACEA tenha se efetivado em 1961, sua história começa bem antes. Desde 1940 já havia uma movimentação no sentido de criar uma Universidade Estadual em Goiás, conforme relatado em documento do Conselho Estadual de Educação nº 947/93 de 02/09/93, que assim expressa:
Inúmeras iniciativas legislativas de criação de uma Universidade Estadual emergiram a partir da década de 40 sem que ultrapassassem os limites formais das leis que as criaram. Senão vejamos: Lei nº 192, de 20/10/48 - cria a Universidade do Brasil Central; Lei nº 6.770, de 10/11/67 - cria a Universidade Estadual de Anápolis; Lei nº 8.613, de 20/04/79 - cria a Universidade Rural do Estado de Goiás, com Campus em 10 cidades do interior goiano; Lei nº 8.772 de 15/01/80 - autoriza a criar a Universidade do Estado de Goiás, com sede em Anápolis e a Lei 10.018, de 22/05/85 - autoriza criar a Universidade Estadual de Anápolis.
Tais propostas, todavia, não chegaram a se concretizar, até que o então Governador do Estado, Dr. Henrique Antônio Santillo, em setembro de 1987, com o Decreto nº 2.814, instituiu, conforme Art. 1o Incisos I ao IV, uma comissão que tinha como funções:
Promover os estudos preliminares necessários à criação e implantação da Universidade Estadual de Anápolis;
Levantar e relacionar, por ordem de prioridade, os atos legais e administrativos indispensáveis à criação, à instalação e ao funcionamento da Universidade Estadual de Anápolis;
Sugerir ao poder público estadual, com base na legislação federal específica, os possíveis cursos a serem criados na Faculdade de Ciências Econômicas de Anápolis, visando atingir o total exigido para composição da estrutura universitária;
Propor, tendo em vista as possibilidades e os interesses locais, regionais e da administração pública, a forma de estruturação da Universidade, buscando a economia de recursos a serem aplicados na execução do projeto, aliada a um elevado padrão de qualidade da entidade a ser criada.
O projeto da Universidade Estadual começa então a ser concretizado. No dia 22 de agosto de 1989, o então Diretor Educacional da FACEA, o economista Ubiratan Cardoso de Souza, designou pela Portaria nº 33-G/89, uma comissão com a responsabilidade de elaborar processos referentes aos cursos de Engenharia Sanitária e Pedagogia, bem como a formulação de uma proposta visando transformar o curso de Licenciatura Curta de Ciências em dois cursos de Licenciatura Plena, um em Biologia e outro em Química. Esta portaria então operacionalizaria o inciso III do Decreto 2.814 acima descrito.
Em 1990 a FACEA foi transformada em Universidade Estadual de Anápolis (UNIANA). O decreto nº 3.355 de 09 de fevereiro de 1990 instituiu a Fundação Universidade Estadual de Goiás, sendo esta também a data oficial de criação da UNIANA. Seu Estatuto e Regimento Geral foram aprovados pelo decreto nº 3.549 de 12 de novembro de 1990, contando com onze cursos, sendo que destes, sete eram de formação de profissionais para atuarem na Educação Básica. A UNIANA era constituída de três centros: Ciências Exatas e Tecnológicas que funcionava no Anexo, no Bairro Alexandrina; o Centro de Ciências Humanas e Letras e o Centro de Ciências Sócio- Econômicas. Ambos funcionavam no Bairro Jundiaí, onde atualmente é sede do Câmpus de Ciências Sócio-Econômicas e Humanas (UEG-CCSEH). Compunha a estrutura organizativa da UNIANA, o Colégio de Aplicação Prof. César Toledo, que funcionava no Anexo do Bairro Alexandrina. Campo experimental destinado à prática de ensino dos cursos de educação, e que passou a ser utilizado pela Secretaria Estadual de Educação, logo após a transformação da UNIANA em Universidade Estadual de Goiás. Com a incorporação da UNIANA à UEG, o Colégio de Aplicação deixou de integrar a estrutura da nova universidade, passando para a competência da Secretaria Estadual de Educação.
O Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas foi criado inicialmente com 4 cursos de graduação regular: Engenharia Civil, Ciências - Habilitação em Química, Ciências - Habilitação em Biologia e Tecnologia em Processamento de Dados, funcionando assim até 1999, quando a UNIANA, foi incorporada à UEG, transformando em Unidade Universitária de Ciências Exatas e Tecnológicas (UEG-UnUCET). Em 2000 foram criados mais 5 cursos de graduação regular: Engenharia Agrícola, Arquitetura e Urbanismo, Farmácia, Licenciatura em Matemática e Química Industrial. Estes cursos funcionaram no Colégio de Aplicação em modestas instalações até março de 2001 quando foi inaugurada a sua sede própria no Campus Henrique Santillo.
Em 2002 foi criado o curso de Sistemas de Informação, e o curso de Tecnologia em Processamento de Dados entrou em processo de extinção. No ano de 2006 foi criado o curso de Licenciatura em Física. Em sete dos dez cursos da UEG-CCET, realizam-se dois Processos Seletivos por ano e os cursos funcionam em dois ou três turnos. O curso de Licenciatura em Matemática funciona no período matutino e os de Sistemas de Informação e Licenciatura em Física no período noturno. Com a reformulação curricular dos cursos de graduação da UEG, cujas discussões se iniciaram no segundo semestre de 2013, por decisão de seu colegiado, o curso de Sistemas de Informação passou a funcionar nos turnos vespertino e noturno a partir do primeiro semestre de 2016.
Em outubro de 2005 foi aprovado pela Fundação de Capacitação de Pessoal de Ensino Superior (CAPES) o primeiro programa stricto sensu da UEG, o Mestrado em Ciências Moleculares, na área de Química. Em 2006, teve inicio o segundo programa, o Mestrado em Engenharia Agrícola, na área de Ciências Agrárias. Em outubro de 2012, foi aprovado o terceiro programa, multidisciplinar, o Mestrado em Recursos Naturais do Cerrado. No ano de 2013 foi aprovado o primeiro programa de Mestrado Profissional da UEG, em Ensino de Ciências. No início do ano de 2014, o programa de Mestrado em Ciências Aplicadas a Produtos para a Saúde foi aprovado pela CAPES, ano em que também iniciou seu funcionamento. Em dezembro de 2015, a CAPES aprovou o primeiro doutorado da UEG e do CET, em Recursos Naturais do Cerrado. Portanto, a partir de 2016 o Programa de Pós-graduação em Recursos Naturais do Cerrado oferece cursos em nível de mestrado e doutorado. Em 2016 o programa CAPES tambem aprovou o Programa de Pós-Graduação Doutorado em Química em Associação UFGD//UEG//UFG/RC, que entrou em funcionamento em 2017.
Assim, atualmente, no CCET funcionam os 10 cursos de graduação, 6 cursos de pós-graduações stricto sensu em nível de mestrado, e um curso de pós-graduação stricto sensu em nível de mestrado e doutorado.